2003年，厦门大学嘉庚学院正式创办，设7个系、9个本科专业。其中，电子科学与技术系下的电子信息工程专业为信息科学与技术学院建院前开设的第一个专业。

2004年，电子科学与技术系增设通信工程、计算机科学与技术两个专业，电子科学与技术系更名为计算机与信息工程系。

2005年，计算机与信息工程系拆分为电子工程系和计算机科学与技术系，学校增设信息与计算科学系。电子工程系增设自动化专业；计算机科学与技术系增设软件工程专业；信息与计算科学系设信息与计算科学专业。

2007年，信息科学与技术学院成立，下设电子工程系和计算机科学与技术系。

2008年，电子工程系增设微电子学专业。

2012年，电子工程系增设光电信息工程专业，计算机科学与技术系增设物联网工程专业。

2013年1月，信息与计算科学系并入信息科学与技术学院，信息科学与技术学院正式以实体院形式运作，学院下设六个教研室：

2013年，光电信息工程专业更名为光电信息科学与工程专业，微电子学专业更名为微电子科学与工程专业；微电子科学与工程专业停止招生。

2014年，信息科学与技术学院下设电子信息实验中心。

2019年，信息科学与技术学院新增机器人工程、智能科学与技术专业；智能科学与技术专业当年未招生，机器人工程专业当年开始招生，院内增设“机器人工程教研室”。

2019年，智造装备与工业互联网技术福建省高校重点实验室（原“智造装备与信息技术联合体福建省高校重点实验室”）获批建设。

2020年，信息科学与技术学院新增数据科学与大数据技术专业；数据科学与大数据技术专业、智能科学与技术专业开始招生，院内增设“大数据教研室”和“人工智能教研室”；信息与计算科学专业停止招生；“计算机课程教研室”申请更名为“计算机教研室”。

2023年，自动化和机器人工程两个专业从信息科学与技术学院剥离，与机电工程学院整合为机电工程与自动化学院。

2026年3月，学校成立人工智能与计算机学院，将信息科学与技术学院的软件工程、计算机科学与技术、智能科学与技术、数据科学与大数据技术等计算机类专业划归至新学院。信息科学与技术学院拆分出人工智能与计算机学院后，更名为电子科学与技术学院，保留电子信息工程、通信工程、光电信息科学与工程、物联网工程等电子信息类专业。
     至此，更名为电子科学与技术学院。